Na segunda temporada, Master Chief John-117 lidera sua equipe de espartanos de elite contra a ameaça alienígena conhecida como Covenant. Após um acontecimento chocante num planeta desolado, John não consegue afastar a sensação de que a sua guerra está prestes a mudar e arrisca tudo para provar o que ninguém mais acreditará: que o Covenant está a preparar-se para atacar a maior fortaleza da humanidade. Com a galáxia à beira do precipício, John embarca em uma jornada para encontrar a chave para a salvação da humanidade, ou sua extinção: o Halo.
